Múzeum mesta Skopje ponúka fascinujúci pohľad do histórie mesta. Nachádza sa v budove bývalej železničnej stanice a predstavuje vývoj Skopje od antiky až po súčasnosť. Exponáty zahŕňajú archeologické nálezy, umelecké diela a historické dokumenty. Vstupné je zdarma a múzeum je otvorené denne okrem pondelka.